1.Shopex
ShopEx也许可以成为国内最早的电子商务网店系统，其技术架构成熟，模板是程序实现了很多的分离，创造了几个第一：
shopex也是我最熟悉的系统之一，从大学二年级开始使用，从4.4版本一直用到现在的4.8版本，见证了几个版本技术构架上的成熟，有时候甚至惊叹；shopex让我不得不接受当时最新的网站模板技术，DIV+CSS模板架构，代码简洁的基础上有了更多的灵活性，4.8版本最近也体验了一下，运用Smart模板引擎技术，这次我是彻底落后了，基本上是找不到模板文件的源代码，幸亏自身转型快，技术是不断更新的。网站建立起来了，更多的是关注如何营销推广，没有转化率的网站，再漂亮和完善也是一个摆设。
还有一点，shopex提供丰富的模板，内置模板就上十套，其特色的还有一个是模板交易，可以进行第三方模板定制，那就当然需要掏点钱啦！不好的是没有开放源代码，其实这也是有利有弊的……
2.Ecshop
一个小公司，自从被康盛创想收购后，在程序上有很大变化，但是其实还一个小公司心态，也许康盛创想有更高 的战略计划。Ecshop开源，也许这是一个畅销点，还有就是灵活性比shopex更强，一个完全不同网站建设的人也可以进行相关的页面修改。我还没有用到Ecshop运用到正式的网站上，只是在本机测试体验下，不过目前公司正在用Ecshop架构新网站，开源是其一个利器，或许会创造网店界的DEDE CMS，让更多的企业在开展电子商务的时候更容易一些。
但是由于其开源，也带来一些问题，如安全性问题，所以用其来建网站还必须考虑安全的防护，另对外贸的支持不足，国外的系统应该增加对外贸的元素。
3.osCommerce
世界使用最多的电子商务系统！技术构架与国内的有很大的不同，源程序的是免费的，但是功能很少，需要安装各种插件来实现特定功能，后台的操作逻辑按照国外的操作习惯，国内用户使用的话需要经历一段时间的磨合期。
免费的模板很少，据我所了解，很多模板都是二次开发，集合了某些插件，所以大部分都是需要收费的，专门负责开发oC模板的国内公司也有一些，不过据我了解，都不太专业，很多都是从技术角度去考虑模板的构架，忽略了营销的因素。
oC的理念就想使用Firfox浏览器一样，需要不断去定制，去升级自身，安装各种各样的插件，对于大多数国内用户可以不必考虑，不过对于外贸的用户来说，选择这个系统比国内有一定的优势，但也不是必然，就看您是怎样运用，呵呵。
4.Zen cart
与oC齐名 ，功能和界面与oC没有什么区别，基本的理念是一致的。不过这个系统内置的功能多些，基本上安装就可以使用，模板机制与oC相比更为便利，不过对服务器的要求还是比较高的，也是为了提高安全性而考虑的。
目前我接触较多就是这几个系统，各有特点，各有针对的公司类型，所以在决定做电子商务之前，要具体分析自身需求，通过自身需求与资源来选择使用某个程序。
还有其他……
您来添加！
Oracle(甲骨文）也有个B2C电子商务系统Istore，也是框架平台，加各种功能模块，功能很NB，价格也很NB。
http://www.oracle.com/lang/cn/applications/sales/istore.html
回复：6 楼 @ feeng
如果能用zen-cart就不要用osc，能用osc就不要用ecshop，能用ecshop就不要用shopex
这话也不能这样说，每个企业都有其需求，根据需求来选择系统才是明智的。
http://demo.magentocommerce.com/
可以打开看看！
shopex和ecshop是比较早的，竞争指数900点
不过我比较看好两个商城，也是目前竞争比较强大的，
一是：360商务，支付宝全力推行，网上支付信任瓶颈被解决，竞争指数突破1000点
二是：百度商城，百度全力推行。加上百度搜索，估计竞争指数突破1000点
